Kościół rektorski św. Jana, dawniej parafialny, jeden z najcenniejszych zabytków miasta, został zbudowany w północnej części Głównego Miasta w Gdańsku przy ul. Świętojańskiej. Początki budowy kościoła św. Jana sięgają XIV wieku, w dzisiejszym kształcie i rozmiarach świątynia powstała w latach 1415-1465. Całość prac budowlanych kończy złożenie sklepień w latach 1463-65, o czym mówi napis na tablicy wmurowanej po lewej stronie drzwi wejściowych do zakrystii w północnej ścianie prezbiterium.

W wyniku działań wojennych kościół św. Jana spłonął w marcu 1945 roku. Pożar spowodował znaczne zniszczenia świątyni. Po wojnie, jako jedyny kościół w Gdańsku, nie został odbudowany i przez kilkadziesiąt lat popadał w ruinę. W 1995 roku została zawarta umowa ograniczonego prawa użytkowania między Archidiecezją Gdańską a Nadbałtyckim Centrum Kultury w Gdańsku, które podjęło dalsze prace związane z odbudową obiektu i jego adaptacją na centrum kultury.

Świątynia jest orientowaną, trójnawową, sklepioną halą z jednonawowym transeptem, prosto zakończonym, także trójnawowym prezbiterium i czworoboczną wieżą usytuowaną od zachodu na osi założenia. Każda z naw posiada oddzielny dach siodłowy, przecięty w poprzek również siodłowym dachem transeptu. Przy północnej ścianie prezbiterium znajdują się: zakrystia i biblioteka, fundacji Zachariasza Zappio. Od zachodu do ściany szczytowej nawy północnej przylega nieduża kaplica cmentarna, dostępna tylko z Zaułka Zachariasza Zappio. Od południa, w narożniku między prezbiterium a transeptem, mieści się kaplica Świętego Ducha (dawniej kaplica Bożego Ciała). Z kaplicą graniczyły, dobudowane do południowej ściany prezbiterium, dwa bliźniacze domy przeznaczone na mieszkanie kościelnego i diakonis luterańskich. Przy kaplicy istniała niewielka, parterowa zakrystia. Kamieniczki i mała zakrystia uległy zniszczeniu w czasie wojny w 1945 roku, zostały odbudowane w okresie od czerwca 2009 roku do października 2010 roku.